Thực hiện chủ trương của Trung ương Cục, ngay sau ngày giải phóng, cùng với các đơn vị của Bộ Quốc phòng, lực lượng vũ trang Quân khu 7 đã tiếp quản toàn bộ các căn cứ quân sự của địch trên địa bàn miền Đông Nam Bộ. Theo phân công nhiệm vụ, ngành Quân y có nhiệm vụ tổ chức lực lượng tiếp quản tất cả các cơ sở quân y của quân đội Sài Gòn. Ngày 20/5/1976, theo quyết định của Quân khu, Bệnh viện C2 và Bệnh viện K21 chính thức sáp nhập thành
Viện Quân y 7A, đồng chí Lê Văn Đức được bổ nhiệm làm Viện trưởng và đồng chí Trương Hữu Dũng làm Chính ủy.
Về tổ chức Đảng, Bệnh viện có 12 chi bộ Đảng và 4 khối thực hiện việc khám chữa bệnh, quản lý đơn vị: Khối cơ quan, Khối cận lâm sàng, Khối lâm sàng nội, Khối lâm sàng ngoại. Khối cơ quan được tổ chức thành 4 ban: Ban Y vụ, Ban Chính trị, Ban Hành chính, Ban Hậu cần. Khối cận lâm sàng được tổ chức thành 5 bộ phận: Phòng Khám bệnh, Khoa Xquang, Khoa Dược, Khoa Xét nghiệm, Khoa Trang bị. Khối lâm sàng nội được tổ chức thành 5 Khoa: Khoa nội 1, Khoa nội 2, Khoa nội 3, Khoa nội 4, Khoa nội 5. Khối lâm sàng ngoại được tổ chức thành 4 bộ phận: Khoa ngoại 1, khoa ngoại 2, Khoa ngoại 3, Phòng Mổ - Hồi sức.
Với nhiệm vụ là một bệnh viện trung tâm, đa khoa tuyến cuối, việc thu dung khám chữa bệnh, ngoài lực lượng vũ trang thì còn có cả diện chính sách, gia đình liệt sĩ, gia đình thương binh, người có công với cách mạng, với số giường quy định 400 giường, làm cơ sở nghiên cứu khoa học, giám định y khoa, chỉ đạo tuyến, cơ sở thực tập cho các trường y của quân đội, làm lực lượng dự bị cho Quân khu, sẵn sang cấp cứu ngoại tuyến và mọi nhiệm vụ đột xuất khác.
Thời kỳ năm 1977 đến năm 1979 thực hiện nghị quyết của Quân khu ,
Viện Quân y 7 A đã nhanh chóng tổ chức lực lượng, tham gia phục vụ chiến đấu bảo vệ Tổ quốc ở biên giới Tây Nam, qua đó gớp phần cùng lực lượng vũ trang Quân khu bảo vệ toàn vẹn lãnh thổ của Tổ quốc . Bắt đầu từ năm 1995
Viện Quân Y 7A chính thức đổi thành
Bệnh Viện Quân y 7A. Trải qua 14 nhiệm kỳ với hơn 40 năm hoạt động và phát triển,tính đến nay tập thể và hàng trăm cán bộ thầy thuốc Bệnh viện đã đạt được nhiều danh hiệu, phần thưởng cao quý, nhiều huân chương, quân công, chiến công, cờ thi đua các cấp cùng hàng chục bằng khen do Đảng Ủy, Bộ Tư lệnh Quân khu 7 và chính quyền Campuchia trao tặng.
So với những ngày đầu khi mới thành lập bệnh viện có 4 khối : Khối cơ quan, khối cận lâm sàng, khối lâm sàng nội, khối lâm sàng ngoại. Thì hiện tại Bệnh viện cơ cấu gồm hai phần chính – Khối cơ quan với 6 Ban và khối chuyên môn với 23 khoa. Từ năm 2011 đến năm 2015 là giai đoạn rất quan trọng đối với sự phát triển của Bệnh viện, giai đoạn chuyển hướng trong thực hiện nhiệm vụ và phát triển. Lãnh đạo bệnh viện xác định xây dựng và phát triển bệnh viện theo hướng có trình độ kỹ thuật cao, có trang bị kỹ thuật hiện đại ngang tầm các bệnh viện trong khu vực, được biên chế từ 250 đến 300 giường bệnh, khi cần có thể tăng cường thêm 50 giường đảm tốt việc thu dung, điều trị, cứu chữa.
Trong năm 2013 tổ chức nhân sự Ban Giám đốc có sự thay đổi, Bác sĩ Lê Quang Trí được bổ nhiệm giữ chức Giám đốc thay Bác sĩ Nguyễn Thị Minh Phương, đồng chí Trần mạnh Tôn làm Chính Ủy thay Bác sĩ Phạm Văn Sơn nghỉ hưu theo chế độ. Đặc biệt với đề án phát triển Bệnh viện giai đoạn 2015 – 2020 và những năm tiếp theo được Bộ tư lệnh Quân khu phê diệt. Tổ chức xây dựng và đưa vào hoạt động dãy nhà 5 tầng, tạo diện mạo mới cho Bệnh viện góp phần chuyển hướng điều trị sang loại hình dịch vụ giúp giảm tải cho các bệnh viện trong khu vực.
Từ 1976 – 2016, bên cạnh việc thực hiện nhiệm vụ chuyên môn, thì đội ngũ y Bác sĩ luôn đi đầu trong các chương trình nghiên cứu với hơn 300 đề tài khoa học, sáng kiến cải tiến kỹ thuật, góp phần phát triển Bệnh viện. Nghị quyết Đại hội Đảng bộ
Bệnh Viện Quân y 7A (2010 – 2015) xác định xây dựng Bệnh viện thành bệnh viện đa khoa chất lượng cao. Tập trung phát triển các chuyên khoa mũi nhọn, tích cực mở rộng lĩnh vực chuyên môn bao gồm hoạt động khám và thu dung điều trị .
Về ngoại khoa , Bệnh viện đã thực hiện các phẫu thuật mới hiệu quả như : phẩu thuật thoát vị bẹn có đặt lưới (2012), phẩu thuật nội soi bướu giáp (2013). Về nội khoa, Bệnh viện đã thực hiện khám và điều trị có hiệu quả : nhồi máu cơ tim, tai biến mạch máu não, chạy thận nhân tạo,….Về chuyên khoa mắt, các phẫu thuật thay thủy tinh thể nhân tạo bằng phương pháp phaco, phẫu thuật glôcom, phẫu thuật cắt dịch kính, phẫu thuật quặm,lé,…
Đặc biệt trong giai đoạn này thành lập Khu Chẩn đoán – Điều trị kỹ thuật cao được tổ chức theo mô hình khép kín, khám bệnh ngoại trú , xét nghiệm cận lâm sàng chẩn đoán hình ảnh, với những trang thiết bị y tế hiện đại, đội ngủ các thầy thuốc giỏi. Hiện tại Bệnh viện có hơn 30 Bác sĩ được trao tặng danh hiệu thầy thuốc ưu tú, 16 Bác sĩ cao cấp, 14 Bác sĩ chính, 1 Dược sĩ chính, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ của một Bệnh viện tuyến cuối của Quân khu.
Từ những nổ lực và hoạt động chuyên môn ở các khoa , trong đó tập trung vào ngoại khoa, là chuyên khoa quan trọng của ngành Quân y, với việc tiếp cận y học tiên tiến. Các cán bộ thầy thuốc bệnh viện không ngừng học tập lấy tư tưởng Hồ Chí Minh làm hành trang,
Bệnh viện Quân y 7A đã trở thành địa chỉ khám chữa bệnh đáng tin cậy của lực lượng vũ trang và đông đảo nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh và khu vực lân cận. Có một ý nghĩa quan trọng trong việc xây dựng niềm tin của nhân dân vào lực lượng vũ trang, vào sự lãnh đạo của Đảng Cộng Sản Việt Nam. Đến thời điểm năm 2016 có thể nói ,
Bệnh viện Quân y 7A đã trở thành một trong những đơn vị quân y chất lượng cao, vừa đảm bảo sự phát triển, hội nhập, hoàn thành tốt nhiệm vụ chính trị, chuyên môn,vừa tham gia thúc đẩy nền y học quốc gia và y học quân sự tiến những bước vững chắc trên con đường đất nước hội nhập.
Với truyền thống tốt đẹp trong hơn 40 năm xây dựng, trưởng thành và phát triển, cán bộ, chiến sĩ
Bệnh viện Quân y 7A đang hàng ngày phấn đấu xây dựng đơn vị vững mạnh về mọi mặt, xây dựng cơ sở y tế hiện đại và đội ngũ thầy thuốc “sáng về y đức, sâu về y lý, giỏi về y thuật”, sẵn sàng nhận và hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ được giao, xứng đáng là Đơn vị Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân, bệnh viện hạng I, tuyến cuối của Quân khu 7, một trung tâm điều trị đa khoa theo hướng chuyên sâu khu vực miền Đông Nam Bộ.
